Nejstarší dochovaná písemná zpráva o Patokryjích pochází z roku 1342 (viz. Historický lexikon obcí České republiky), i když datum je trochu sporné. Historici hledají původ názvu obce ve zdejším rodu vladyků z Patokryjí, kteří si ve vsi vybudovali patrně ve 14. stol. obrannou tvrz („ukrývali paty“).

Tvrz stávala na mírném návrší nad potokem Srpinou na jižním okraji obce. Dnes je tento prostor zastavěn obytnými a hospodářskými objekty.
V 15. stol. ve vsi sídlil rod z Duban, až do 17. stol. se v obci vystřídalo několik šlechtických rodů. Posledním držitelem tvrze byl Bernard Elsnic z Elsnic, kterému byl jeho majetek posmrtně konfiskován za jeho účast ve stavovském povstání. Patokryje připadly Lobkovicům, kteří ves připojily administrativně k Bílině. Pod ní setrvaly až do zrušení poddanství v roce 1848, kdy byly začleněny pod Želenice. Roku 1907 se staly samostatnou obcí.
Patokryje, které jsou dnes chudé na památky, se měly v minulosti čím chlubit. V polovině 18. stol. zde vyrostla barokní kaple sv. Jana Nepomuckého, o sto let dříve kostel a fara. Kostel byl ale roku 1860 zbourán.
Obec byla v minulosti vystavena tvrdým zkouškám přírody. Jsou k dispozici záznamy, podle kterých opakovaně v průběhu 16. až 19. stol. řádila v okolí obce silná vichřice, která pokaždé úplně zničila úrodu. Obec byla zkoušena také po skončení třicetileté války roku 1648, kdy propuštění žoldáci tvořili tlupy a drancovali venkovská sídla. Patokryje však vždy prokazovaly dostatečnou vitalitu svým vztahem k půdě. V minulosti zde stály chmelnice a vinice.
V Patokryjích se začal na počátku 20. stol. rozvíjet spolkový život, vznikl zde Sbor dobrovolných hasičů, Sbor stráže Svobody, Bezkonfesní skupina Svornost.
V závěru okupace, podle kroniky, zde padlo 34 vojáků Rudé armády. Po okupaci pohraničí v roce 1938 byla česká část obyvatelstva odsunuta do vnitrozemí, po válce podobný osud poznamenal místní Němce, kteří byli vysídleni ve dvou etapách do Německa. V první se jednalo asi o stovku osob, v druhé pak 144 osob.

V roce 1946 obec postihla povodeň, která strhla zdejší most přes řeku Srpinu, jenž byl ale neprodleně obnoven. V roce 1950 zde vznikl divadelní soubor Jirásek. Šest let nato postihla ves další přírodní katastrofa. V pondělí 27. srpna 1956 po 19. hodině se obcí přehnala větrná smršť. „Obloha se zatemnila a spustil se velký lijavec, podobný průtrži mračen,“ píše se doslovně v kronice. „po skončení deště se nad obcí přehnala prudká a ničivá větrná smršť. Za jednu a půl minuty strhala střechy, pobořila zdi domů, vyrvala ze země celé velké stromy.“ uvádí dále tehdejší kronikář Václav Baxa starší. Z jedenácti stodol bylo osm srovnáno se zemí a zbylé tři byly bez střech. Ve dvoře stál pásový traktor, který vichřice převrátila, dvoupatrová sýpka, jejíž zeď měla sílu1,5 metru, byla v rozvalinách. Tak charakterizovaly dobové zápisky asi největší živelnou katastrofu v novodobých dějinách.

Smírčí kříž (č.p.75)
Skutečný význam většiny smírčích křížu je zahalen rouškou minulosti. V podstatě šlo o jakési vykoupení z hříchu. Člověk, který někoho zavraždil, vytesal a nechal usadit smírčí kříž – to měla být satisfakce za hřích, kterého se dopustil. Ze stejného důvodu se navíc mezi vrahy a rodinami obětí uzavíraly smírčí smlouvy a smlouvy o hmotném vyrovnání. Všechny tyto akty měly usmířit pozůstalé a vraha a měly očistit duši vraha před bohem. Mohl mít různou podobu. Poměrně často byl na kříži zobrazen i předmět, kterým byla smrt způsobena. Na našem kříži je rytina kalichu s hostií.
Smírčí říž